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你的RNA序列(长度 < 100,000):
>name GGUUAAGCGACUAAGCGUACACGGUGGAUGCCCUGGCAGUCAGAGGCGAUGAAGG
样例
▼
样例1: tRNA_tdbR00000566-Homo_sapiens-9606-Tyr-9PA (len:76)
样例2: SRP_Oryz.sati._AC079888 (len:311)
样例3: 16S rRNA_A.pyrophilus (len:1564)
样例4: 23S rRNA_T.thermophilus (len:2915)
或者
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可用模型
LinearPartition-V
(基于Lorenz et al 2011的
Vienna RNAfold
热动力模型,使用Mathews et al 2004的参数)
     
欢迎引用以下文献:
He Zhang, Liang Zhang, David H. Mathews and Liang Huang(2020).
LinearPartition: Linear-Time Approximation of RNA Folding Partition Function and Base Pairing Probabilities
.
Bioinformatics
代码:
github:LinearPartition
联系:
RNA@baidu.com
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